Ο Άγιος Στέφανος βρίσκεται ανάμεσα στα όρη της Πεντέλης και της Πάρνηθας, μόλις λίγα χιλιόμετρα από την Λίμνη του Μαραθώνα.
Στην απογραφή του 1928 για πρώτη φορά εμφανίζονται οι συνοικισμοί Άγιος Στέφανος και Ν. Ζώργιανη, οι οποίοι καταγράφονται χωριστά από το Μπογιάτι και ανήκουν στην Κοινότητα Αφιδνών. Στις 24-4-1937 δημοσιεύεται το Βασιλικό Διάταγμα «Περί εγκρίσεως ρυμοτομίας και οριστικής διανομής του Συνοικισμού Νέας Ζώργιανης (Αττικής)» και στις 8-8-1937 το Βασιλικό Διάταγμα «Περί εγκρίσεως ρυμοτομίας και οριστικής διανομής του Συνοικισμού Άγιος Στέφανος Αττικής», τα οποία προσυπογράφονται από τον Υπουργό Γεωργίας. Οι δύο αυτοί συνοικισμοί μαζί με το Μπογιάτι αποτέλεσαν την «Κοινότητα Οίου».
Το 1953 δημιουργήθηκαν δύο ξεχωριστές Κοινότητες, γνωστές ως Κοινότητα Αγίου Στεφάνου (Νέο Μπογιάτι) και Κοινότητα Άνοιξης (Παλιό Μπογιάτι).
Ο Άγιος Στέφανος έγινε δήμος το 1995. Από την 1η Ιανουαρίου 2011 ανήκει διοικητικά στον ενιαίο Καλλικρατικό Δήμο Διονύσου.